filter_quipt.RdThis function is a wrapper over the QuiPT test.
filter_quipt(target, kmers, ...)a numeric response variable
a matrix of kmers with named columns or an object obtained via
generate_kmer_data function.
other arguments for test_features function.
a numeric vector of named p-values corresponding to k-mers in the feature space.
This function uses test_features
n_seq <- 20
sequence_length <- 20
alph <- letters[1:4]
motifs <- generate_motifs(alph, 4, 4, 4, 6)
kmers <- generate_kmer_data(n_seq, sequence_length, alph,
motifs, n_injections = 4)
target <- get_target_additive(kmers)
filter_quipt(target, kmers)
#> d.c_0 a.b_0 b.d_0 c.a_0 b.a_0
#> 1 1 1 1 1
#> c.c_0 a.d_0 b.b_0 c.d_0 c.b_0
#> 1 1 1 1 1
#> a.c_0 d.a_0 d.b_0 d.d_0 a.a_0
#> 1 1 1 1 1
#> b.c_0 d.c_1 d.a_1 d.b_1 b.d_1
#> 1 1 1 1 1
#> c.a_1 c.c_1 b.c_1 a.d_1 b.b_1
#> 1 1 1 1 1
#> c.b_1 a.c_1 a.b_1 b.a_1 a.a_1
#> 1 1 1 1 1
#> c.d_1 d.d_1 d.c_2 d.a_2 a.b_2
#> 1 1 1 1 1
#> d.b_2 b.d_2 b.a_2 c.c_2 b.c_2
#> 1 1 1 1 1
#> b.b_2 c.d_2 c.b_2 a.c_2 a.d_2
#> 1 1 1 1 1
#> a.a_2 c.a_2 d.d_2 a.b_3 d.b_3
#> 1 1 1 1 1
#> d.d_3 c.a_3 b.a_3 c.c_3 b.c_3
#> 1 1 1 1 1
#> a.a_3 b.b_3 c.d_3 a.c_3 d.c_3
#> 1 1 1 1 1
#> d.a_3 b.d_3 a.d_3 c.b_3 d.c_4
#> 1 1 1 1 1
#> d.d_4 b.d_4 b.a_4 c.c_4 a.d_4
#> 1 1 1 1 1
#> a.a_4 b.b_4 c.b_4 a.c_4 d.a_4
#> 1 1 1 1 1
#> a.b_4 d.b_4 c.a_4 b.c_4 c.d_4
#> 1 1 1 1 1
#> d.c_5 a.b_5 d.b_5 b.d_5 c.a_5
#> 1 1 1 1 1
#> b.c_5 a.d_5 b.b_5 a.c_5 d.d_5
#> 1 1 1 1 1
#> b.a_5 a.a_5 c.b_5 d.a_5 c.c_5
#> 1 1 1 1 1
#> c.d_5 d.a_6 a.b_6 b.d_6 c.c_6
#> 1 1 1 1 1
#> b.c_6 c.b_6 a.c_6 d.d_6 c.a_6
#> 1 1 1 1 1
#> b.a_6 a.d_6 b.b_6 d.b_6 a.a_6
#> 1 1 1 1 1
#> c.d_6 d.c_6 c.c.a_0.0 a.c.d_0.0 d.c.c_0.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.a.c_0.0 c.b.b_0.0 b.b.d_0.0 b.d.c_0.0 b.a.d_0.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.c.a_0.0 c.b.a_0.0 a.d.c_0.0 b.a.b_0.0 c.a.b_0.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.c.b_0.0 c.d.c_0.0 a.b.d_0.0 c.b.d_0.0 b.d.a_0.0
#> 1 1 1 1 1
#> b.a.c_0.0 a.b.a_0.0 d.a.c_0.0 d.b.a_0.0 a.c.b_0.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.d.a_0.0 d.a.b_0.0 b.d.b_0.0 b.b.b_0.0 a.c.a_0.0
#> 1 1 1 1 1
#> b.d.d_0.0 c.c.b_0.0 b.c.d_0.0 b.b.a_0.0 a.c.c_0.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.d.d_0.0 a.a.a_0.0 a.a.b_0.0 c.a.a_0.0 b.a.a_0.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.b.c_0.0 d.a.a_0.0 d.d.b_0.0 a.d.b_0.0 c.d.b_0.0
#> 1 1 1 1 1
#> a.d.a_0.0 d.b.b_0.0 b.b.c_0.0 a.a.d_0.0 a.b.b_0.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.c.c_0.0 b.c.c_0.0 a.a.c_0.0 a.b.c_0.0 c.a.d_0.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.a.d_0.0 a.d.d_0.0 d.d.d_0.0 c.c.d_0.0 d.d.c_0.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.b.d_0.0 c.d.a_0.0 d.c.d_0.0 b.c.b_0.0 c.b.d_1.0
#> 1 1 1 1 1
#> b.c.b_1.0 b.b.d_1.0 c.c.c_1.0 d.a.c_1.0 b.d.c_1.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.b.a_1.0 d.c.a_1.0 a.c.b_1.0 c.c.d_1.0 a.d.c_1.0
#> 1 1 1 1 1
#> b.c.a_1.0 c.a.b_1.0 d.b.b_1.0 b.d.a_1.0 b.a.c_1.0
#> 1 1 1 1 1
#> a.d.a_1.0 b.b.a_1.0 a.a.c_1.0 a.a.b_1.0 a.d.d_1.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.a.b_1.0 b.d.b_1.0 a.b.d_1.0 d.c.c_1.0 c.b.a_1.0
#> 1 1 1 1 1
#> b.a.b_1.0 a.a.a_1.0 c.a.a_1.0 b.a.a_1.0 c.b.c_1.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.d.a_1.0 b.d.d_1.0 c.a.c_1.0 d.a.a_1.0 a.b.b_1.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.b.c_1.0 a.d.b_1.0 b.c.d_1.0 b.a.d_1.0 d.a.d_1.0
#> 1 1 1 1 1
#> a.a.d_1.0 c.b.b_1.0 c.c.b_1.0 a.c.c_1.0 d.b.d_1.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.c.a_1.0 a.c.d_1.0 d.d.a_1.0 c.d.d_1.0 d.d.c_1.0
#> 1 1 1 1 1
#> a.c.a_1.0 d.d.d_1.0 d.c.d_1.0 c.d.c_1.0 a.b.c_1.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.a.d_1.0 a.b.a_1.0 d.c.b_1.0 b.b.b_1.0 c.b.d_2.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.c.a_2.0 b.c.b_2.0 a.b.b_2.0 b.a.c_2.0 b.d.c_2.0
#> 1 1 1 1 1
#> b.b.a_2.0 a.c.c_2.0 d.a.b_2.0 d.c.d_2.0 c.d.c_2.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.b.d_2.0 a.c.a_2.0 b.d.a_2.0 b.b.d_2.0 d.a.c_2.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.b.a_2.0 a.d.a_2.0 a.c.b_2.0 a.a.c_2.0 b.a.b_2.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.d.d_2.0 b.c.a_2.0 b.d.b_2.0 a.b.d_2.0 c.a.c_2.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.a.a_2.0 d.c.a_2.0 c.c.d_2.0 b.c.c_2.0 a.a.a_2.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.a.a_2.0 c.a.b_2.0 d.c.b_2.0 a.b.c_2.0 c.d.b_2.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.a.d_2.0 a.a.d_2.0 a.b.a_2.0 b.a.d_2.0 d.d.a_2.0
#> 1 1 1 1 1
#> a.a.b_2.0 d.b.b_2.0 b.a.a_2.0 c.b.b_2.0 c.b.a_2.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.d.c_2.0 b.b.b_2.0 c.a.d_2.0 d.d.d_2.0 a.d.c_2.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.d.a_2.0 a.c.d_2.0 c.c.c_2.0 b.d.d_2.0 d.b.c_2.0
#> 1 1 1 1 1
#> a.d.d_2.0 c.c.b_2.0 c.c.b_3.0 c.c.c_3.0 b.c.d_3.0
#> 1 1 1 1 1
#> b.b.a_3.0 a.a.c_3.0 b.a.b_3.0 b.c.a_3.0 c.a.b_3.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.d.c_3.0 d.d.c_3.0 d.b.d_3.0 a.b.d_3.0 b.b.b_3.0
#> 1 1 1 1 1
#> a.c.a_3.0 b.a.c_3.0 b.b.d_3.0 d.a.c_3.0 d.d.a_3.0
#> 1 1 1 1 1
#> a.a.b_3.0 a.d.d_3.0 d.c.b_3.0 c.d.a_3.0 c.c.a_3.0
#> 1 1 1 1 1
#> b.d.a_3.0 a.c.d_3.0 b.c.b_3.0 d.a.a_3.0 d.b.c_3.0
#> 1 1 1 1 1
#> a.c.c_3.0 c.d.d_3.0 c.a.c_3.0 c.d.b_3.0 b.c.c_3.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.a.d_3.0 d.c.d_3.0 a.b.c_3.0 d.b.b_3.0 b.a.a_3.0
#> 1 1 1 1 1
#> a.a.d_3.0 a.b.b_3.0 a.a.a_3.0 b.a.d_3.0 d.c.a_3.0
#> 1 1 1 1 1
#> a.c.b_3.0 c.b.a_3.0 a.d.c_3.0 c.a.a_3.0 c.a.d_3.0
#> 1 1 1 1 1
#> a.d.a_3.0 c.c.d_3.0 c.b.d_3.0 d.d.b_3.0 b.d.c_3.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.d.d_3.0 a.b.a_3.0 d.c.c_3.0 c.b.b_3.0 b.d.d_3.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.c.a_4.0 a.c.d_4.0 a.d.c_4.0 b.a.b_4.0 d.c.c_4.0
#> 1 1 1 1 1
#> a.a.b_4.0 b.a.c_4.0 d.c.b_4.0 b.b.d_4.0 d.d.c_4.0
#> 1 1 1 1 1
#> b.d.c_4.0 c.b.a_4.0 b.d.a_4.0 a.b.a_4.0 d.a.c_4.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.d.d_4.0 a.d.a_4.0 b.c.a_4.0 c.a.b_4.0 d.b.d_4.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.b.d_4.0 c.a.c_4.0 d.a.a_4.0 a.c.c_4.0 a.c.b_4.0
#> 1 1 1 1 1
#> a.d.d_4.0 d.a.b_4.0 c.a.a_4.0 d.c.d_4.0 b.b.c_4.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.d.a_4.0 a.b.b_4.0 d.d.b_4.0 d.b.c_4.0 b.a.d_4.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.c.d_4.0 d.d.a_4.0 a.a.a_4.0 d.c.a_4.0 c.b.b_4.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.d.b_4.0 b.b.a_4.0 d.a.d_4.0 a.a.c_4.0 b.a.a_4.0
#> 1 1 1 1 1
#> a.c.a_4.0 c.a.d_4.0 b.c.d_4.0 a.a.d_4.0 b.c.c_4.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.d.d_4.0 d.b.a_4.0 c.d.c_4.0 c.c.b_4.0 b.b.b_4.0
#> 1 1 1 1 1
#> b.c.b_4.0 d.b.b_4.0 b.c.c_5.0 a.d.c_5.0 c.a.c_5.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.a.b_5.0 b.b.d_5.0 b.d.c_5.0 b.c.d_5.0 d.b.a_5.0
#> 1 1 1 1 1
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#> 1 1 1 1 1
#> c.b.a_5.0 d.d.a_5.0 a.a.c_5.0 a.a.b_5.0 d.b.d_5.0
#> 1 1 1 1 1
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#> 1 1 1 1 1
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#> 1 1 1 1 1
#> d.a.a_5.0 a.b.b_5.0 c.d.b_5.0 a.c.c_5.0 d.a.d_5.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.c.d_5.0 a.a.a_5.0 a.d.d_5.0 b.c.a_5.0 d.b.b_5.0
#> 1 1 1 1 1
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#> 1 1 1 1 1
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#> 1 1 1 1 1
#> c.d.c_5.0 a.c.d_5.0 b.b.c_5.0 b.b.a_5.0 d.c.b_5.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.c.b_5.0 a.d.b_5.0 c.b.d_6.0 c.c.d_6.0 b.c.b_6.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.a.b_6.0 b.c.a_6.0 a.b.a_6.0 d.a.c_6.0 b.d.c_6.0
#> 1 1 1 1 1
#> a.c.c_6.0 b.d.a_6.0 c.a.c_6.0 a.d.d_6.0 b.a.c_6.0
#> 1 1 1 1 1
#> b.b.d_6.0 a.c.b_6.0 b.c.c_6.0 d.d.a_6.0 a.a.c_6.0
#> 1 1 1 1 1
#> c.c.a_6.0 a.c.d_6.0 c.a.b_6.0 a.b.c_6.0 b.a.a_6.0
#> 1 1 1 1 1
#> b.d.d_6.0 d.a.d_6.0 b.d.b_6.0 d.d.c_6.0 b.c.d_6.0
#> 1 1 1 1 1
#> b.b.b_6.0 a.c.a_6.0 b.a.b_6.0 a.a.a_6.0 d.a.a_6.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.b.b_6.0 c.a.d_6.0 a.d.a_6.0 c.b.b_6.0 c.d.c_6.0
#> 1 1 1 1 1
#> b.a.d_6.0 a.a.d_6.0 d.c.d_6.0 c.d.a_6.0 d.d.d_6.0
#> 1 1 1 1 1
#> d.c.b_6.0 a.d.c_6.0 c.d.d_6.0 c.b.a_6.0 c.b.c_6.0
#> 1 1 1 1 1
#> a.b.d_6.0 b.b.a_6.0 c.c.b_6.0 d.b.a_6.0 c.b.d_0.1
#> 1 1 1 1 1
#> b.d.a_0.1 d.c.c_0.1 b.a.c_0.1 c.b.b_0.1 c.c.b_0.1
#> 1 1 1 1 1
#> a.d.b_0.1 b.a.d_0.1 d.c.a_0.1 a.c.c_0.1 b.d.b_0.1
#> 1 1 1 1 1
#> d.c.b_0.1 a.b.c_0.1 c.d.c_0.1 b.b.c_0.1 c.a.d_0.1
#> 1 1 1 1 1
#> a.c.d_0.1 d.a.a_0.1 d.d.b_0.1 a.b.a_0.1 b.b.d_0.1
#> 1 1 1 1 1
#> b.d.c_0.1 a.c.b_0.1 b.a.b_0.1 a.b.d_0.1 b.b.b_0.1
#> 1 1 1 1 1
#> c.c.c_0.1 d.a.c_0.1 b.c.d_0.1 b.b.a_0.1 c.b.a_0.1
#> 1 1 1 1 1
#> a.a.b_0.1 c.a.a_0.1 d.d.c_0.1 c.d.a_0.1 a.c.a_0.1
#> 1 1 1 1 1
#> a.a.d_0.1 d.b.c_0.1 d.b.a_0.1 a.d.a_0.1 b.c.c_0.1
#> 1 1 1 1 1
#> d.d.a_0.1 d.a.d_0.1 a.a.a_0.1 a.b.b_0.1 a.d.c_0.1
#> 1 1 1 1 1
#> d.a.b_0.1 b.a.a_0.1 d.b.d_0.1 a.a.c_0.1 d.c.d_0.1
#> 1 1 1 1 1
#> d.d.d_0.1 a.d.d_0.1 c.c.d_0.1 b.d.d_0.1 c.a.c_0.1
#> 1 1 1 1 1
#> c.d.d_0.1 b.c.a_0.1 c.a.b_0.1 c.c.a_0.1 c.c.a_1.1
#> 1 1 1 1 1
#> c.c.c_1.1 a.d.a_1.1 a.c.b_1.1 b.c.c_1.1 d.a.d_1.1
#> 1 1 1 1 1
#> a.d.c_1.1 b.c.a_1.1 b.d.b_1.1 d.c.b_1.1 d.b.b_1.1
#> 1 1 1 1 1
#> c.b.c_1.1 d.b.d_1.1 b.b.c_1.1 c.a.d_1.1 c.b.d_1.1
#> 1 1 1 1 1
#> b.d.a_1.1 d.a.a_1.1 d.b.c_1.1 b.c.d_1.1 b.b.a_1.1
#> 1 1 1 1 1
#> a.a.b_1.1 b.a.a_1.1 a.a.d_1.1 b.a.c_1.1 a.b.a_1.1
#> 1 1 1 1 1
#> b.a.d_1.1 d.c.a_1.1 a.c.c_1.1 c.b.a_1.1 c.c.d_1.1
#> 1 1 1 1 1
#> b.a.b_1.1 a.a.a_1.1 c.a.b_1.1 c.d.c_1.1 d.c.c_1.1
#> 1 1 1 1 1
#> c.c.b_1.1 a.d.b_1.1 b.d.c_1.1 d.b.a_1.1 d.a.b_1.1
#> 1 1 1 1 1
#> a.b.c_1.1 b.b.d_1.1 b.c.b_1.1 a.a.c_1.1 c.d.a_1.1
#> 1 1 1 1 1
#> a.b.d_1.1 d.d.a_1.1 a.d.d_1.1 d.d.d_1.1 a.c.d_1.1
#> 1 1 1 1 1
#> c.d.d_1.1 d.c.d_1.1 c.d.b_1.1 c.a.a_1.1 d.d.c_1.1
#> 1 1 1 1 1
#> d.a.c_1.1 c.a.c_1.1 a.b.b_1.1 c.b.b_1.1 a.c.a_1.1
#> 1 1 1 1 1
#> d.d.b_1.1 b.d.a_2.1 d.c.c_2.1 b.c.b_2.1 c.c.b_2.1
#> 1 1 1 1 1
#> d.b.c_2.1 c.d.b_2.1 b.a.d_2.1 a.c.c_2.1 d.a.d_2.1
#> 1 1 1 1 1
#> b.c.a_2.1 c.d.c_2.1 c.b.c_2.1 a.b.d_2.1 b.b.b_2.1
#> 1 1 1 1 1
#> a.c.a_2.1 a.c.d_2.1 a.d.b_2.1 b.d.c_2.1 d.b.a_2.1
#> 1 1 1 1 1
#> a.a.a_2.1 d.a.b_2.1 b.a.a_2.1 c.d.a_2.1 d.a.a_2.1
#> 1 1 1 1 1
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